在某个神秘的夜晚，可怕的孢子突然降临地球，它们钻进人类的身体，从而将其据为己有，并且将人类作为猎杀吞食的目标。高中生泉新一（染谷将太 饰）也险些被孢子控制大脑，结果这个待在右手中寄生兽“小右”（阿部隆史 饰）便与之展开了奇妙的共存。某天，学校里来了位新老师田宫良子（深津绘里 饰），她和小右都敏锐地察觉到对方的存在。田宫将A（池内万作 饰）和岛田秀雄（东出昌大 饰）介绍给小右，并邀请他加入全部由寄生兽组成的网络以谋求发展。在此期间，新一和小右遭到A的伏击，而相依为命的母亲（余贵美子 饰）也不慎沦为寄生兽的俘虏。为了保护最重要的人，新一只有向穷凶极恶的寄生兽展开攻击……
　　本片根据岩明均的同名漫画改编。

　　正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，将恐怖分子彻底制服，但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时，远郊的水坝发生爆炸案。新滨县刑警陀古萨（新垣樽助 配音）传唤水坝管理企业负责人沙特博士，对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压，陀古萨没有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真实身份，正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起，其背后隐藏怎样的真相？
　　本片根据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。