20世纪末，一种神秘病毒在世界蔓延，感染者莫不血尽身亡。 热爱摇滚乐的远藤贤知（唐泽寿明 饰）经历过叛逆时期，如今年奔三十的他窝在家乡大阪经营一家连锁超市，上层负责人责骂，母亲聒噪，姐姐的孩子神乃哭泣，贤知小心应付，手忙脚乱。在小学同学聚会上，贤知重逢当年好友义常（香川照之 饰）、青蛙仔（宮迫博之 饰）、丸夫（石塚英彦 饰）、福平（佐佐木藏之介）、阿门（宇梶剛士 饰）等人。从他们口中得知，如今社会上正时兴一个神秘的宗教组织，组织领袖自称“朋友”，而近期发生的一些列恐怖事件皆来自贤知众人童年时杜撰的一本“预言之书”。 不久，童年时的好友当机（生濑胜久 饰）自杀身亡，他在死前几天曾寄给贤知一封信，信中提到秘密基地的标志。为弄清真相，贤知和朋友们挖出当年埋在树下的铁盒，找出那本“预言之书”。他们发现，儿时胡编乱造写下的情节正在一一应验。那位“朋友”似乎就是...
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的THE ONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被THE ONE取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开始燃烧了！
