高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。
　　经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……

　　香港某大型医院，外科主任医师佟倩（赵薇 饰）刚刚完成例行巡视。接二连三的手术让她的神经高度紧张，加上有的患者术后情况并不理想，无形间使她的精神承受了巨大的压力。就在此时，一名遭受枪伤的男子被紧急送到医院。对方名叫张礼信（钟汉良 饰），是一个胆大包天且狡诈非常的高智商罪犯。虽然头部中枪，但幸运的是并未给他造成巨大的创伤。从昏迷中醒来的张拒绝手术，仿佛正耐心等待时机。监视并开枪射伤他的警官陈伟乐（古天乐 饰）高度紧张，他急于知道对方同伙的下落，为此不惜采用非法手段。
　　医患如织的医院内，短短六个小时里，警察、医生和悍匪三方展开了艰苦卓绝的角力……

　　冲锋车案件主谋李家俊（彭于晏 饰）设计逃脱警方控制，与幕后黑手汇合，联手策划更大阴谋。而现警务处长刘杰辉（郭富城 饰），前警务副处长李文彬（梁家辉 饰），和资深大律师简奥伟（周润发 饰）被卷入其中，香港将面临更加大的危机……