香港男人在深圳建立家庭，在香港工作，每天“冲关”，奔走中港两地，面对工作及生活，这是每一个香港人及内地同胞所热衷话题，【爸爸两边走】选择了这题材为主轴，剧情以温情伦理为主导，故事以写实手法描述香港及内地人对婚姻及感情的看法，回归之后香港及中国之间生活变迁为重点，以亲情及爱情为原素。并以崭新手法，以国内全实景拍摄作包装，给予观众清新写实的感觉。演员阵容鼎盛，包括：林韦辰、万绮雯、张文慈、袁文杰、江美仪、吴廷烨、楼南光、吕有慧、谢雪心、杜挺豪等，全情投演，反影社会实况。 任职男护事的曾耀乾，带着儿子曾诚到机场妻子接机，无意中发现了妻子方泗曼原来与上司杨永祥有奸情，耀乾曾经想挽救这段婚姻危机，无奈妻子将婚姻及事业挂了勾…结婚七年，妻子由一个护士晋升至行政经理，而耀乾还停留在男看护阶段，夫妻的距离由近而远，渐渐同床异梦。耀乾知道无法挽救这段婚姻，欲与妻子离婚，妻子感觉对家庭仍有责任，不肯离异，耀乾为了让妻子死心，带着儿子离去，回到深圳暂住。 耀乾一边在香港工作，一边要回到深圳照顾儿子，开始了爸爸两边走的生活，耀乾每天“冲关”时发觉，原来有很多香港人也是跟他一般的遭遇，每日奔走中港两地，面对工作及生活。当耀乾渐渐适应了中港两边走的生活后，开始在国内认识了不少朋友，其中一个是弱视的钢琴教师常萍，常萍虽然弱视，但人却坚强，对生命充满寄望，不但不需要人照顾，还能反过来照顾耀乾及曾诚…日久生情，耀乾与常萍渐成爱侣。 常萍有一个愿望，希望能参加全国音乐比赛，可惜身体残疾使她不能如愿，耀乾想尽法子帮助常萍治好了她的眼疾，使常萍可以如愿，在数万人面前表演钢琴，常萍喜极而泣…而耀乾也在帮助常萍的过程里，在失败婚姻阴影中爬起来，重新做人。当耀乾及常萍感情成熟，准备结婚之时，却遇到最大的考验…泗曼与永祥的感情告终，想吃回头草，就算不能得回耀乾的爱，也要得回儿子曾诚…最后耀乾面对情义的抉择，作出了一个肯定的抉择…继续爸爸两边走的生活。
故事开始于数十年前，一寡妇临终把一对双胞胎婴儿交托两姊妹，兄长随养母移居南洋一荒岛，改名尚人，而其弟则被带来香港，落地生根，取名毛建树，二人断绝联络。尚人自小生长大富之家，男权至上，却感岛上无甚玩乐，加上其养母临终吐露身世之谜，但为要守孝，不能离岛半步，委派近身查理斯访探其弟下落。原来建树亦已成家立室，其妻欧嘉丽事业心极重，未能如建树所愿生得一儿半女。查理斯找到时，劝他趁机一振夫纲，往南洋与兄会面。兄弟会面，惊喜交集，竟想出调换身份，一试对方的生活习惯，尚人回港，一心要制服嘉丽，引起连番恶斗。而建树遇上千依百顺的人妻尤如丝，对之百般怜爱，可惜竟遭人暗算，而凶手竟是…
嫁到马来西亚做大嫂的李梦露身负巨债，逼不得已投靠姪女李乐怡，二人性格南辕北辙，不时发生龃龉。二人意外得知亲兄本有一档果栏，被冯大坚及其养子冯宝私侵，为要抢回业权，展开一连串软硬兼备的攻势，闹出不少笑话与风波。乐怡同窗黄友财是油麻地热心社工，邂逅酒吧奇女子陈玉敏且纠缠于果栏与江湖是非之间。梦露、乐怡及玉敏三女子多番经历，令到本来属于男人世界、守旧缺乏朝气的果栏，起了翻天覆地的变化，打拼出一片新天地。
刘三好（佘诗曼 饰）本是官宦之后，不幸其父在权力更替过程中成了牺牲品，三好与其母江采琼（田蕊妮 饰）以及奴婢姚金铃（杨怡 饰）被纳入宫中最婢女，江采琼有家传的手艺在司珍房中工作。一次江采琼为皇后制作的凤凰珠钗竟出现了“凤凰泣血”的不吉之象被革职并处以杖刑，最终重病而亡，临终前叮嘱女儿要“做好事、说好话、存好心”。刘三好和姚金铃在宫中相依为命，都在尚宫局任职。然而在皇宫的尔虞我诈中，姚金铃野心越来越大，一而再再而三的陷害三好。与之相反，三好始终铭记着母亲的遗嘱，即便在人心叵测的皇宫中，依旧“做好事、说好话、存好心”。分道扬镳的二人最终换来什么样的结局呢？
解破军乃大明皇族之后，被奸臣所害，流落民间，练成一身好武艺，却遭夏侯家率八大门派围攻，军失踪，其子连环则被侍卫龙守一所救，一养大环，但隐瞒其身世。一有子龙正，不满一偏爱环，自小便痛恨他。一之女龙儿，则与环青梅竹马，互相爱慕。夏侯义表面乃正派人士，实则朝廷鹰犬。义将女嫣许配正，以接近龙家。义查出环身世，率八大门派杀环，一和龙儿惨死，环则逃脱。正对环更痛恨，改名应天命，专心练武报仇。 环一直被追杀，一次受伤后，为刹天巴教教主之女月半弯（罗慧娟）所救。弯爱上环，惜环对他无意，机缘巧合，环得《金蛇秘籍》，练成一身好本领，于是决意报仇，大杀八大门派中人。 环掳走嫣，逼义与他决斗。嫣得知环身世后，对他同情，二人多番出生入死后，共堕爱河。命因此更痛恨环，弯亦怨环无情，二人遂连手对付环，连场腥风血雨由此而掀起。
高文健 (蔡一杰) 自幼丧父，误入歧途，因误杀青年陈锦明被判入狱，母亲亦因刺激过度辞世，健极度沮丧，幸得福利官郑秋萍 (马清仪) 鼓励，痛改前非，潜心苦读，卒能在会考中取得优异成绩，被推荐参加外展青年训练中心的体能训练，与教练梁志刚 (黎汉持) ，亦即萍前夫，建立亦帅亦友的感情，并於活动中结识一班爬山爱好者，相约一年後征服圣母峰。健出狱後寄居萍家，与萍女梁丹蕾 (冯晓文) 成斗气冤家 蕾自澳洲返港渡假，一心想拉拢父母复合。陈锦安 (蔡一智) 因母亲王玉清 (黄恺欣) 过度呵护，形成懦弱性格，自与健结识後，逐渐健立信心，两人不单组成爬山队召集好友练习爬山，并与众合作经营船厂筹募爬山经费。队员中各有不同?目标，经纪卓浩伦 (蘇志威) 欲惜爬山协助推销商品；大学生张培俊 (张智霖) 则纯为表现自己，争取荣耀。原来俊父张金满 (陈狄克) 为过气球星，因使用茅...
莎莉 (程可为) 与小云 (高妙思) 住在一起，莎莉为人负责肯承担，常常会为人出头，对小云尤其好，可谓「万事有我」就「搞掂」。 小云则是个青春少艾，为人活泼精灵，但因为年龄上的差距，与莎莉的想法时有出入，带出不少笑话。 罗大利夫妇 (甘国亮 林建明) 租住莎莉寓所二楼，他们的洋化作风，与莎莉更是格格不入，因而常常产生冲突，莎莉为人虽然坚强，但为了屋中各人，经常烦恼不已。
故事发生在三十年代的香港，贪官污吏横行，拐卖案件频发。某日，梁芯（杨怡 饰）前往警局报案，遇见了名为金华（张继聪 饰）的杂差，梁芯深知警局内见钱眼开的歪风邪气，自然没有将破案的指望托付在金华身上。之后，梁芯遇见了警察沉一然（杨明 饰），和其他警探不同，沉一然年轻有为正直勇敢，在他的帮助下，人贩最终落入法网。 梁芯和沉一然之间产生了真挚的感情，然而梁芯身份特殊，自知无法名正言顺的和沉一然走到一起，于是选择将这份感情埋藏在心底。早已经爱上梁芯的金华将这一切看在眼里，为了成全所爱之人，他忍痛出面调解，最终顺利的将梁芯和沉一然撮合到了一起。
民国初年，百年老店尚春堂大药坊在佛山声名显赫，医术高超的名医杜参（杜燕歌 饰）掌管尚春堂，远近驰名。杜参膝下无子，唯一冰雪聪明的女儿杜佳期（钟嘉欣 饰）自小在父亲的耳濡目染下，熟识药理，并有一颗济世为怀的仁爱之心。佳期与佛山市长长子庄继祖（黄浩然 饰）婚期在即，这桩强强联姻在佛山市一时间传为佳话。婚期临近，佳期不顾婚前禁忌与继祖赶往贫民窟金玉里，阻止贫民以鼠入药。外表市侩的倒卖商人丁一元（陈展鹏 饰）偶遇天性善良的佳期，为其找回被盗的新婚项链。岂料继祖回家后，便身感不适，原来他与大批市民都感染上了春瘟。杜参为了不耽误婚期，冒极大危险研制药劲猛烈的“九九正气丸”，并免费派发给市民医治春瘟。在此期间，佳期慢慢发现不羁浪子一元，其实重情重义，不禁对其心生敬意。新婚前日，继祖病发身亡，市长父亲庄敦儒难平丧子之痛，不仅查封了尚春堂，并将杜参关入牢中。庄敦儒次子庄继宗（黄浩然 饰）留学归来本欲参加大哥婚礼，却获此晴天霹雳。年轻气盛的的继宗势要查出真相，还杜家一家清白。
故事发生在战火纷飞的一九四一年，莫笑侬（商天娥 饰）的双亲在战争中不幸去世，无奈之下，莫笑侬只得投靠姑姐唐瑛（关菊英 饰），莫笑侬和唐瑛之间并没有真正的亲情，两人不过是相互利用。很快，漂亮热情的莫笑侬成为了娱乐圈人人争相追捧的交际花，与此同时，她结识了名叫詹姆士（张国荣 饰）的英俊男子。 莫笑侬被詹姆士的风流倜傥所吸引，之后两人成婚，不幸的是，婚后的生活并不幸福。秦小曼（周秀兰 饰）是莫笑侬的同学，她的父亲秦简夫（刘兆铭 饰）和唐瑛之间产生了真挚的感情，一直对唐瑛怀恨在心的莫笑侬决定不惜一切手段，拆散二人。
故事讲诉的20世纪末经济迅猛发展的背景下，金融行业中的勾心斗角与女强人故事。
